Woda używana do nawadniania nie powinna zawierać mikroorganizmów ani substancji szkodliwych dla zdrowia konsumentów. W wodzie mogą występować trzy grupy mikroorganizmów: właściwe bakterie wodne oraz bakterie glebowe - zazwyczaj nieszkodliwe dla człowieka, drobnoustroje ściekowe, w tym chorobotwórcze dla człowieka. Do najważniejszych chorób przewodu pokarmowego przenoszonych przez bakterie chorobotwórcze żyjące w środowisku wodnym należy tyfus brzuszny, czerwonka oraz dur rzekomy. W wodach powierzchniowych stwierdzono także występowanie wirusów powodujących żółtaczkę zakaźną. Niebezpiecznym dla konsumentów świeżych owoców i warzyw może być deszczowanie plantacji wodą zawierającą bakterie chorobotwórcze. Wskaźnikiem biologicznego skażenia wody jest wykrycie bakterii pałeczki okrężnicy (Escherichia coli), która może wywołać biegunki. Obecność tej bakterii w wodzie świadczy o zanieczyszczeniu wody fekaliami i wskazuje na potencjalne niebezpieczeństwo występowania bakterii chorobotwórczych. Wskaźnik coli to liczba bakterii grupy coli w 100 mililitrach wody. W wodzie pitnej wskaźnik ten nie powinien przekroczyć 0. Wskaźnik coli w wodzie do nawadniania owoców warzyw i owoców jagodowych spożywanych stanie świeżym nie powinien przekraczać 10. Zamiast wskaźnika coli podaje się często tzw. miano coli określające najmniejszą ilość wody, w której znajduje się jedna bakteria. Odpowiednie analizy powinny być przeprowadzone w jednostce do tego uprawnionej np. stacji sanitarno-epidemiologicznej.
https://www.gov.pl/web/gis/stacje-sanitarno-epidemiologiczne
Nie mniej ważna jest także zawartość w wodzie pierwiastków i związków chemicznych szkodliwych dla ludzi a łatwo akumulujących się w roślinach (dotyczy to głównie metali ciężkich, fenoli, detergentów itp. (tabela 1).
Tabela 1. Dopuszczalne zawartości niektórych pierwiastków w wodzie do nawadniania wg normy krajowej PN-84(c-04635)
| Pierwiastek | Dopuszczalna ilość [mg/l] |
|---|---|
| Arsen (As) | 0,2 |
| Bor (B) | 0,5 |
| Chlorki (Cl) | 400 |
| Cynk (Zn) | 2,0 |
| Fluor (F) | 1,5 |
| Glin (Al) | 5 |
| Kadm (Cd) | 0,1 |
| Nikiel (Ni) | 1,0 |
| Ołów (Pb) | 0,1 |
| Rtęć (Hg) | 0,01 |
| Siarczki (S) | 0,1 |
| Suma metali ciężkich | 1,0 |
Bardzo ważnym aspektem jest także zawartość pestycydów w wodzie do nawadniania. Niestety coraz częściej nie tylko wody powierzchniowe ale także głębinowe zawierają pestycydy. Nieświadome stosowanie do nawadniania takiej skażonej wody może być przyczyną wykazania przez laboratoria certyfikujące zawartości pestycydów w nawet na obiektach gdzie nie były one nigdy stosowane. Analizy chemiczne wody na zawartość pozostałości pestycydów w wodzie można wykonać w akredytowanym laboratorium Zakładu badań bezpieczeństwa żywności Instytutu Ogrodnictwa – PIB w Skierniewicach